หลักสูตรมหาบัณฑิตสาขาเกษตรศาสตร์เชิงระบบได้เกิดขึ้นจากกลุ่มคณาจารย์ที่ร่วมงานวิจัยเชิง ระบบในศูนย์วิจัยซึ่งมองเห็นความสำคัญของการใช้แนวทางเชิงระบบเพื่อการศึกษาและพัฒนา โดยจัด เป็น Programme ซึ่งยังไม่มีที่ใดจัดหลักสูตรดังกล่าวมาก่อน นอกจากนี้มองเห็นว่าการนำเอาหลักสูตรเข้า มาผูกกับการวิจัยจะทำให้ความเชื่อมโยงระหว่างการวิจัยของศูนย์วิจัยมีเป้าหมายและมีความต่อเนื่องมาก ยิ่งขึ้น โดยเฉพาะในการพัฒนาองค์ความรู้และวิธีการใหม่ ๆ เนื่องจากความเป็นมาของหลักสูตรและหน้าที่ ของศูนย์วิจัยในด้านงานวิจัยมีความผสมกลมกลืนและมีการพัฒนามาอย่างต่อเนื่อง ศูนย์วิจัยจึงทำหน้าที่ สนับสนุนโปรแกรมการศึกษา โดยช่วยจัดการเรียนการสอนในหลักสูตรดังกล่าวด้วย

           หลักสูตรได้ร่างขึ้นโดยกลุ่มคณาจารย์ที่ทำงานในศูนย์วิจัย โครงร่างหลักสูตรได้ผ่านการกลั่นกรอง จากคณาจารย์ในคณะเกษตรศาสตร์ และศูนย์วิจัยได้จัดสัมมนาเชิงปฏิบัติการร่วมกับผู้ทรงคุณวุฒิจาก หน่วยงานภายนอกและต่างประเทศ 10 คน ก่อนที่จะเสนอให้ทบวงมหาวิทยาลัยตรวจสอบ หลักสูตรฯได้ เปิดสอนเป็นภาษาไทยในปีการศึกษา 2527 จนถึง 2529 ได้มีการทบทวนเพื่อเตรียมสอนเป็นภาษา อังกฤษในปี 2530 และเปิดรับนักศึกษาต่างชาติในปีการศึกษา 2531 เป็นต้นมา หลักสูตรฯได้มีการทบ ทวนในปี 2537 เพื่อปรับปรุงสาระและสร้างกระบวนวิชาด้านวนเกษตรเพิ่มเติม และในปีการศึกษา 2541 ได้เพิ่มกระบวนวิชาธุรกิจเกษตรขึ้นในหลักสูตร

8. ทบทวนและปรับปรุงหลักสูตรและวิธีการสอนหลักสูตรมหาบัณฑิตเกษตรศาสตร์เชิงระบบ ให้ทันสมัยเพื่อตอบสนองต่อการเปลี่ยนแปลงทางเทคโนโลยี ประเด็นปัญหาใหม่และความ ต้องการของสังคม

9. ขยายขอบเขตการศึกษาปริญญาโทเกษตรศาสตร์เชิงระบบไปสู่ปริญญาเอกเกษตรศาสตร์ เชิงระบบเพื่อสร้างนักวิจัยเชิงระบบที่มีคุณภาพ